むし歯の原因菌で一般的によく知られているのは、ミュータンス連鎖球菌という菌です。
この菌は食べ物に含まれる糖分を分解し、グルカンというネバネバの物体を作り歯に付着します。このグルカンが集まって白くなったものが歯垢（プラーク）です。

ミュータンス菌はプラーク内でも繁殖し、糖分から酸を生み出します。口の中が酸性になっても死滅することはなく、継続して糖分から酸に変換し、この酸がカルシウムやリンを奪います。これを「脱灰」といいます。

食事からすぐはミュータンス菌が増殖して脱灰が起こります。ただ人間には歯を丈夫に保つため、唾液によりカルシウムやリンが歯に戻されるという機能があります。これを再石灰化といいます。再石灰化は食事から約1時間後から始まります。